W 1837 roku kandydował na stanowisko gubernatora Alabamy, przegrał jednak z Arthurem P. Bagby. Stanowisko to objął w 1841 roku. W 1843 roku wybrany został na drugą kadencję i sprawował ten urząd do 1845 roku. Jako gubernator prowadził politykę skierowaną przeciwko bankom, był też zwolennikiem zmniejszania podatków i danin publicznych.
W 1847 roku ponownie się ożenił. Ze swoją drugą żoną, Aurelią Blassingame, miał siódmego syna. W 1848 roku gubernator Reuben Chapman mianował go senatorem w miejsce zmarłego Dixona Halla Lewisa, aby dokończył jego kadencję. Po jej upłynięciu Fitzpatrick kandydował na stanowisko senatora na nową kadencję, jednak jego kandydatura została zablokowana przez przedstawicieli północnej części stanu Alabama, którzy twierdzili, że wybór Fitzpatricka da oba miejsca Alabamy w Senacie przedstawicielom południowej części stanu, z pokrzywdzeniem północy. Ostatecznie senatorem wybrany został Jeremiah Clemens.
W 1853 roku Fitzpatrick został ponownie mianowany senatorem, aby dokończyć kadencję Williama R. Kinga, wybranego na urząd wiceprezydenta Stanów Zjednoczonych. Podczas tej kadencji był przewodniczącym Komisji do spraw Wydawnictw oraz Komisji do spraw Poprawionych Projektów Ustaw.