W trakcie sezonu 2004/2005 Assis przeszedł do Benfiki Lizbona, gdzie miał zastąpić Słoweńca Zlatko Zahoviča. Podczas swojego debiutu z drużyną Moreirense FC zdobył gola, a Benfica wygrała 2:1. 21 lutego 2005 roku Assis strzelił jedną z bramek w zwycięskim 2:1 meczu ze swoją byłą drużyną – Vitórią Guimarães. 3 grudnia tego samego roku po spotkaniu z Marítimo Funchal w organizmie piłkarza wykryto obecność niedozwolonych substancji. W lutym 2006 roku UEFA zawiesiła Assisa na pół roku. 7 maja prezydent Benfiki – Luís Filipe Vieira zakwestionował pozytywny wynik testu swojego zawodnika mówiąc, że podczas badań nie zastosowano odpowiednich procedur. Od czasu pobrania próbek od piłkarza do czasu ich zbadania minęły 72 godziny, co mogło znacząco wpłynąć na wynik testu.
14 lipca Portugalski Związek Piłki Nożnej cofnął 6–miesięczną dyskwalifikację dla Assisa, chociaż piłkarz nie grał już przez ostatnie 5 miesięcy. Benfica zarzuciła laboratoriom odpowiedzialnym za testy sfałszowanie wyników analiz. 19 lipca portugalskie gazety „O Jogo” i „A Bola” zacytowały wypowiedź członka laboratorium odpowiedzialnego za obsługiwanie próbek i dokonywanie analiz.