Mężczyzna wyjawił, że w organizmie zawodnika wykryto 4,5 nanogramu/mililitr substancji o nazwie 19–norandrosteron, podczas gry norma prawna wynosi maksimum 2 nanogramy/milimetr.
Ostatecznie po wielu odwołaniach, oskarżeniach i zaangażowaniu w sprawę Światowej Organizacji Antydopingowej oraz Trybunału Arbitrażowego ds. Sportu uzgodniono, że Assis jest winny całej sprawy. Jego dyskwalifikacja została wydłużona z 6 do 12 miesięcy.
Pierwszy mecz po zawieszeniu Assis rozegrał 9 września 2006 roku, kiedy to Benfica przegrała 0:3 z Boavistą Porto. Łącznie przez 3,5 roku spędzonego w lizbońskim zespole Portugalczyk rozegrał dla niego 56 spotkań w rozgrywkach ligowych i strzelił 4 bramki. W 2008 roku Assis powrócił do Vitórii Guimarães. 30 stycznia 2009 roku zdobył swojego pierwszego hat-tricka w karierze, a jego klub pokonał 4:2 Vitórię Setúbal.
W sezonie 2010-11 Nuno Assis Był piłkarzem saudyjskiego Al-Ittihad. W sezonie 2011/2012 występował w Vitórii Guimarães, a w latach 2012–2016 w Omonii Nikozja.