Na granitowych Wyspach Wewnętrznych występuje bogata szata roślinna i wiele gatunków zwierząt. Odnotowano tu występowanie ok. 300 gatunków roślin, przy czym 40% uznawane jest za gatunki endemiczne.
Wyspy koralowe zostały skolonizowane przez gatunki z Azji, Afryki i Madagskaru. Wyspy te charakteryzują się ubogą bioróżnorodnością, z wyjątkiem atolu Aldabra, gdzie odnotowano występowanie ok. 1500 gatunków roślin i zwierząt, przy czym 60% uznawane jest za gatunki endemiczne.
Flora Na Wyspach Wewnętrznych występują m.in. Vateriopsis seychellarum (jedyny przedstawiciel rodziny dwuskrzydłowatych poza Azją południowo-wschodnią), Medusagyne oppositifolia (endemit wyspy Mahé), dzbanecznik Perville'a. Rośnie tu siedem gatunków palm: palma kokosowa oraz endemiczne lodoicja seszelska, Deckenia nobilis, Nephrosperma vanhoutteanum, Phoenicophorium borsigianum, Roscheria melanochaetes i Verschaffeltia splendida.
Fauna 200px|thumb|Aldabrachelys gigantea 200px|thumb|Muchodławka lśniąca 200px|thumb|Sroczek seszelski Zwierzęta na Wyspach Wewnętrznych to przede wszystkim gatunki żyjące w lasie tropikalnym. Występują tu m.in. drapieżne ślimaki, chruściki i pływakowate.