Żyje tu wiele gatunków ptaków, w tym endemiczne sroczek seszelski, muchodławka lśniąca i pustułka seszelska. Chruścielowiec białogardły jest ostatnim przedstawicielem wielkich nielotów na obszarze Oceanu Indyjskiego.
Endemiczne ssaki reprezentowane są jedynie przez dwa gatunki – Coleura seychellensis z rodziny upiorowatych i rudawka seszelska. Osadnicy przywieźli szczury, myszy, koty, tenreki i kozy.
Na Seszelach występują również jedne z największych żółwi na świecie: Aldabrachelys gigantea – na atolu Aldabra, gdzie żyje największa populacja żółwi olbrzymich na wolności świecie licząca 152 tys. osobników (stan na 2015 rok) † Aldabrachelys gigantea daudinii (wymarły) Aldabrachelys hololissa Aldabrachelys arnoldi
Oprócz żółwi żyje tu wiele gatunków jaszczurek (m.in. Archaius tigris, Ailuronyx seychellensis czy Urocotyledon inexpectata).
Wśród płazów wyróżniają się żaba nilowa, Tachycnemis seychellensis i Sechellophryne gardineri.
Owady reprezentowane są przez ok. 6000 gatunków, z których wiele to endemity (50% motyli i muchówek oraz 80% prostoskrzydłych).
Większość z 80 gatunków ślimaków to gatunki endemiczne (88%), pozostałości fauny Gondwany, np. Stylodonta studeriana.