Po kilkumiesięcznej przerwie w aktywności artystycznej, w 1940 rozpoczął pracę w Teatrze Nowości w Warszawie, występował też w Teatrze Muzycznym. Ten okres w jego karierze jest uważany za kontrowersyjny ze względu na uchwałę konspiracyjnego ZASP zabraniającą członkom związku występowania w teatrach organizowanych przez Niemców.
W Teatrze Nowości pracował do wybuchu powstania warszawskiego. Podczas powstania wyszedł z miasta z ludnością cywilną i trafił do obozu przejściowego w Pruszkowie, a stamtąd do swojego pensjonatu w Zakopanem, zajętego przez wojsko niemieckie. Parnell został w nim zatrudniony na stanowisku palacza i kucharza. W Zakopanem został jednak aresztowany i jako podejrzanego o udział w powstaniu wysłano go do Niemiec przez Kraków. Parnell zdołał jednak uciec z pociągu i wrócić do Zakopanego, gdzie ukrywał się aż do wyzwolenia miasta.
Po 1945 thumb|Afisz z 1946 reklamujący Balet Parnella