Chomejni powierzył mu nadzór nad irańskimi szyickimi szkołami duchownymi i prestiżowy obowiązek prowadzenia modlitwy piątkowej w sanktuarium w Ghomie, zgadzał się również, by wielokrotnie to Montazeri przedstawiał oficjalne komunikaty państwowe w sprawach bieżących.
Poglądy społeczne i polityczne Montazeriego były w niektórych kwestiach bardziej radykalne, niż zapatrywania Chomejniego. Montazeri uważał, że obowiązkiem islamskiego rządu było działanie na rzecz poprawy sytuacji materialnej najuboższych. Opowiadał się także za eksportem rewolucji islamskiej do innych krajów, w których większość obywateli wyznawała islam, w szczególności popierał działania Korpusu Strażników Rewolucji Islamskiej na rzecz tworzenia i wspierania szyickich partyzantek w Libanie. Kojarzony z lewicowym skrzydłem porewolucyjnej elity władzy, nie był popierany przez konserwatystów; część jego przeciwników zarzucała mu również brak charyzmy i prawdziwych politycznych kompetencji. Niechętna była mu zwłaszcza frakcja zwolenników pragmatycznej polityki zagranicznej, której przywódcą byli Ali Akbar Haszemi Rafsandżani.