Jego pozycję osłabiła jeszcze sprawa Mehdiego Haszemiego, jego bliskiego współpracownika, który ujawnił przebieg tajnych rozmów irańsko-amerykańskich (afera Iran-Contras).
Ostateczną przyczyną zerwania między Chomejnim a Montazerim był sprzeciw tego drugiego wobec masowej egzekucji więźniów politycznych w 1988, zaaprobowanej przez Najwyższego Przywódcę. Montazeri publicznie stwierdził, że przebywający w więzieniach sprawcy zbrodni powinni zostać ukarani, jednak konieczne było zachowanie wartości rewolucyjnych i sprawiedliwości, a nie kierowanie się ślepym odwetem. W 1989 Montazeri zaczął jeszcze ostrzej krytykować rząd republiki islamskiej. Twierdził, że nie realizował on ideałów rewolucji, wzywał do budowania otwartego społeczeństwa, zaproszenia wszystkich Irańczyków do odbudowy kraju i uczciwej oceny popełnionych w poprzedniej dekadzie błędów. Ruhollah Chomejni w odpowiedzi na krytykę stwierdził, że wojna iracko-irańska nie była klęską Iranu, przeciwnie – pozwoliła poznać prawdziwe zamiary wrogów i skonsolidować nowe społeczeństwo. Następnie w liście do Montazeriego stwierdził, że nigdy nie uważał go za godnego następcę, a jedynie dał się przekonać co do jego osoby przyjaciołom, oskarżył go o współpracę z liberałami i Mudżahedinami Ludowymi.