Chomejni wezwał Montazeriego, by zrezygnował ze statusu następcy Najwyższego Przywódcy, co też Montazeri uczynił 27 marca 1989. Następnie decyzję tę potwierdziło Zgromadzenie Ekspertów. Wizerunki Montazeriego zostały usunięte z irańskiej przestrzeni publicznej, a on sam pozbawiony statusu wielkiego ajatollaha.
Po śmierci Chomejniego W listopadzie 1997 w Ghom publicznie poparł ruch reformatorski kierowany przez Mohammada Chatamiego. Wezwał jego przeciwników, by nie sprzeciwiali się reformom, a do nowo obranego prezydenta zaapelował, by zrezygnował z urzędu, gdyby Najwyższy Przywódca Ali Chamenei blokował jego polityczne projekty. Wzywał do tworzenia partii politycznych i wycofania się duchowieństwa z kierowania polityką kraju, by nowe organizacje mogły lepiej wyrażać życzenia wyborców. Zaatakował również samego Chamenei, sugerując, że nie był on prawdziwym wielkim ajatollahem. Po tym wydarzeniu został osadzony w areszcie domowym (już wcześniej jego działania były obserwowane przez irańskie służby). Mógł natomiast okazjonalnie wypowiadać się na bieżące tematy polityczne, wzywał m.in. do wznowienia relacji dyplomatycznych ze Stanami Zjednoczonymi.