Hill wydał stojącemu na tyłach generałowi rozkaz zaatakowania pozycji Unii na Seminary Ridge ok. godziny 16.00. Po trzydziestu minutach, trzy z posłanych brygad były bardzo wykrwawione, a jedna z nich, pod dowództwem Alfreda Scalesa została całkowicie rozbita przez ostrzał szrapnelowy. Ostatecznie jednak żołnierze Pendera zmusili unionistów do odwrotu w kierunku Gettysburga.
2 lipca Pender otrzymał posterunek w pobliżu seminarium luterańskiego. Podczas ataku echelonowego, rozpoczętego przez Jamesa Longstreeta na prawej flance, dywizja Pendera miała posuwać się w pobliżu Cemetery Hill, na lewo od sił Richarda Andersona. Pender został ranny w łydkę przez fragment pocisku wystrzelonego z Cemetery Hill, po czym przekazał dowodzenie Jamesowi Lane’owi. Zmiana w przywództwie złamała impet natarcia. Pender został ewakuowany do Staunton (Virginia), gdzie 18 lipca pękła arteria w zranionej nodze. Lekarze amputowali ją, próbując ocalić życie, jednakże młody generał zmarł parę godzin późniejTagg, s. 424, Eicher, s. 327..
Spuścizna Pender został pochowany na Calvary Churchyard w Tarboro (Karolina Północna). Jego nazwisko zostało uwiecznione w nazwie hrabstwa Pender, założonego w 1875 r. W 1965 r.