Biskup Po powrocie do Rosji został biskupem pomocniczym eparchii leningradzkiej z tytułem biskupa łużskiego. Funkcję tę łączył z zadaniami locum tenens eparchii ryskiej. 10 października 1962 przeniesiony na katedrę wiedeńską i austriacką, zaś od 22 grudnia 1964 wikariusz eparchii moskiewskiej z tytułem biskupa dmitrowskiego. 14 maja 1966 został arcybiskupem kijowskim i halickim. Dwa lata później, pozostając na katedrze, uzyskał godność metropolity.
Działając na terytorium Ukraińskiej SRR, metropolita Filaret pozostawał w dobrych relacjach z władzami republiki. Zdecydowanie zwalczał zwolenników nadania Kościołowi prawosławnemu na Ukrainie oblicza związanego z kulturą ukraińską, promując tradycję rosyjską..
Po śmierci patriarchy Pimena pełnił przez miesiąc funkcję locum tenens patriarchy Moskwy. Potępił w tym okresie powstanie niekanonicznego Ukraińskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. W czasie Soboru Lokalnego, którego zadaniem był wybór patriarchy, metropolita Filaret – obok metropolitów Aleksego i Włodzimierza – był jednym z kandydatów do godności.