Według wspomnień niektórych uczestników soboru metropolita Filaret był pewien swojego wyboru, jednak w tajnym głosowaniu uzyskał najmniejszą liczbę głosów.
Jeszcze w listopadzie 1990 metropolita Filaret bronił jedności Kościoła prawosławnego na Ukrainie i w Rosji, potępiał ideę autokefalii Cerkwi ukraińskiej jako polityczną, niezwiązaną z religią. Bronił również jedności ZSRR.. Stanowisko to porzucił natychmiast po ogłoszeniu przez Ukrainę niepodległości, gdy stał się apologetą autokefalii.
Powstanie Patriarchatu Kijowskiego W listopadzie 1991 Sobór Biskupów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego odrzucił prośbę biskupów ukraińskich o udzielenie Kościołowi prawosławnemu na Ukrainie pełnej samodzielności. Potwierdzone zostało funkcjonowanie autonomicznego Ukraińskiego Kościoła Prawosławnego i przyznanie jego zwierzchnikowi tytułu Wielce Błogosławionego Metropolity Kijowa i całej Rusi-Ukrainy. Mimo tego na początku roku 1992 metropolita Filaret raz jeszcze zwrócił się do patriarchy Moskwy z prośbą o nadanie autokefalii, tym razem jednak nie uzyskał dla swojego apelu powszechnego poparcia podległych mu biskupów ukraińskich. Hierarcha odebrał części z nich katedry lub przeniósł do innych eparchii.