Boll był słabego zdrowia, zwolniono go ze służby wojskowej z powodu „delikatnej konstytucji”, mimo to na ochotnika brał udział jako lekarz wojskowy w wojnie francusko-pruskiej. Prawdopodobnie chorował na gruźlicę. W 1878 wyjechał do Davos podratować zdrowie (w sierpniu odwiedził go tam Helmholtz), mimo to jego stan stopniowo się pogarszał. Zmarł 19 grudnia 1879 w Rzymie w wieku 30 lat. Wspomnienie pośmiertne poświęcili mu Georges Haltenhoff i Sella, notatka ukazała się także w Anatomischer Anzeiger.
18 marca 1879 ożenił się z fizjolożką Margarethe Traube (1856–1912), córką berlińskiego lekarza Ludwiga Traubego. Małżeństwo było bezdzietne. Margarethe Boll w 1885 roku wyszła za mąż ponownie, za profesora Gugliemo Mengariniego (1856–1927).
Boll pozostawił niedokończone prace o barwnikach wzrokowych, alpejskiej florze, a także biografię Spallanzaniego.