Jana na Lateranie święcenia kapłańskie.
W 1869 roku rozpoczął studia filozofii chrześcijańskiej i teologii w jezuickim Collegium Romanum. W 1873 roku obronił doktorat z teologii na temat Tajemnica Trójcy Świętej. W tym samym roku został Wicerektorem Kolegium Polskiego w Rzymie. W 1887 próbował uzyskać katedrę filozofii na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie. Jego starania zakończyły się niepowodzeniem, pozostał w Rzymie i został powołany przez papieża Piusa IX na wykładowcę Accademia di Religione Cattolica.
W 1882 roku uzyskał profesurę na Wydziale Teologicznym krakowskiego uniwersytetu. Jego przybycie Leon XIII zapowiedział słowami: Magnum lumen vobis mitto (Posyłam wam wielkie światło). Na konsystorzu, który odbył się 10 listopada 1884 papież pragnął wynieść ks. Pawlickiego do godności kardynała, jednakże ten odmówiłInformacja na temat nominacji kardynalskiej ks. Pawlickiego wraz z krótką biografią- The Cardinals of the Holy Roman Church. W 1884 wybrany został członkiem korespondentem Wydziału Historyczno-Filozoficznego Akademii Umiejętności, a w 1891 jej członkiem czynnym. W 1894 przeszedł na Wydział Filozoficzny Uniwersytetu Jagiellońskiego. W latach 1888–1889 oraz 1892-1893 dziekan Wydziału Teologicznego krakowskiego uniwersytetu. W roku akademickim 1905-1906 pełnił funkcję rektora w tejże uczelni.