W 1656 roku okręt skierowano na wody Hiszpanii, w celu blokady morskiej portów.
W kwietniu 1659 "Naseby" był flagowym okrętem floty 55 okrętów, która pod dowództwem Edwarda Montagu udała się na Bałtyk w celu obrony angielskich interesów handlowych, jako przeciwwaga dla floty holenderskiej, interweniującej w czasie wojny pomiędzy Szwecją i Danią.
Po restauracji monarchii w Anglii w 1660 roku, na okręcie pod dowództwem Edwarda Montagu przybył do Dover, wracając z wygnania, nowy monarcha Karol II Stuart, a nazwę okrętu zmieniono na "Royal Charles" poprzedzoną skrótem "HMS" (His Majesty’s Ship – "Okręt Jego Wysokości").
"Royal Charles" wziął udział w drugiej wojnie przeciw Holandii, która wybuchła w 1665 roku i zaczęła się niezwykle pomyślnie dla Anglików. Był flagowym okrętem angielskiej awangardy pod dowództwem księcia Yorku (eskadra "czerwona") w zwycięskiej bitwie pod Lowestoft, w której to Anglicy zadali Holendrom największą w ich historii klęskę morską. Swój udział w zwycięstwie miał też "Royal Charles", który zmierzył się z okrętem flagowym floty holenderskiej Eendracht (1655).