Kościół nie posiada hierarchii.
Równolegle działającą na terenie Chin strukturą jest Metropolia Hongkongu i południowo-wschodniej Azji w jurysdykcji patriarchy Konstantynopola.
Rosyjski Kościół Prawosławny 250px|right|thumb|Pierwsza siedziba rosyjskiej misji prawosławnej w Chinach, widok z 1850 250px|right|thumb|Jeden ze zwierzchników misji rosyjskiej, Innocenty (Figurowski), na tle cerkwi św. Nowomęczenników Chińskich Misja Pierwsza cerkiew prawosławna w Chinach jest wzmiankowana w 1685. Szerzej zakrojona działalność misyjna była jednak możliwa dopiero po 1727, kiedy na mocy traktatu w Kiachcie praca duszpasterska kapłanów prawosławnych stała się w Chinach legalnaP. Paszkiewicz, W służbie Imperium Rosyjskiego 1721-1917. Funkcje i treści ideowe rosyjskiej architektury sakralnej na zachodnich rubieżach Cesarstwa i poza jego granicami, Warszawa 1999, Warszawa, Instytut Sztuki PAN, , s.227.