Do 1858 misja pełniła równocześnie zadania placówki dyplomatycznej, gdyż Imperium Rosyjskie nie posiadało w Pekinie swojej ambasady. Po wymienionej dacie kapłani wchodzący w skład misji zorientowali swoją działalność na próby nawracania ludności chińskiej. Rząd rosyjski przekazywał znaczne sumy pieniędzy na wznoszenie cerkwi na terytorium ChinP. Paszkiewicz, W służbie..., ss.228-231. Prawosławni w mniejszym stopniu niż misjonarze katoliccy i protestanccy byli obiektem wrogości ze strony ChińczykówP. Paszkiewicz, W służbie..., s.228. Dopiero w czasie powstania bokserów obiekty misji zostały zniszczone w nocy 11 czerwca 1900, zaś jej zwierzchnik archimandryta Innocenty (Figurowski) z innymi kapłanami i częścią wiernych schronił się w ambasadzie rosyjskiej. Spośród prawosławnych Chińczyków i Rosjan 222 osoby zostały zamordowane w czerwcu 1900. Ofiary te zostały następnie kanonizowane jako nowomęczennicy chińscyСобор святых мучеников китайских. Po tych zniszczeniach oberprokurator Świętego Synodu Konstantin Pobiedonoscew zalecał zamknięcie misji, ale ostatecznie zdecydowano o jej odbudowie. Praca misyjna była jednak prowadzona na znacznie mniejszą skalę.