Od 1948 Strauss był członkiem Rady Gospodarczej Bizonii we Frankfurcie nad Menem. W 1949 został mianowany przez Hansa Eharda pierwszym sekretarzem generalnym CSU, w tym samym roku zdobył mandat deputowanego do Bundestagu, a od 1950 roku był wiceprzewodniczącym frakcji parlamentarnej CDU/CSU. W 1953 roku został powołany do II rządu kanclerza Adenauera, pełnił funkcje ministerialne w kolejnych gabinetach Adenauera aż do swojej rezygnacji w 1962 roku w związku z tzw. Aferą Spiegla. Po odejściu z rządu do 1966 roku kierował pracami grupy parlamentarnej CSU. Po zawiązaniu Wielkiej Koalicji został ministrem finansów w rządzie Kurta Georga Kiesingera, pełniąc tę funkcję do 1969 roku.
Był mocno zaangażowany w zapoczątkowanie inwestycji w energetykę jądrową, doprowadzając do uchwalenia pierwszej niemieckiej ustawy o energii atomowej. mały|Franz Josef Strauss i Charles de Gaulle (1962) Strauß był pierwszym zachodnioniemieckim politykiem, który z spotkał się z przywódcą Chin Mao Zedongiem. Mao przyjął Straussa na rozmowy 16 stycznia 1975 roku podczas jego wizyty w Chińskiej Republice Ludowej.