Równie kosztowne okazało się uzbrojenie okrętu, ponieważ król nakazał, aby wszystkie działa były odlane z brązu, który, chociaż lżejszy, był 4-krotnie droższy od żeliwa. 90 dział miało kosztować początkowo 20 592 funtów, ale kiedy zwiększono uzbrojenie do 102 dział koszty wzrosły początkowo do 24 447, a potem jeszcze o dodatkowe 1700 funtów.
W sierpniu 1637 roku „Sovereign of the Seas” odbył 24-dniowy rejs po kanale La Manche, aby następne 15 lat spędzić w rezerwie w Chatham.
W okresie republiki (1649-1660) nazwę okrętu zmieniono w 1651 r. na „Sovereign”, chociaż początkowo planowano nazwę „Commonwealth” („wspólnota”, formalna nazwa państwa w tym okresie). 7 listopada tego samego roku zadecydowano o jego przebudowie w stoczni w Chatham – w celu poprawienia stabilności obniżono wówczas nadbudówki i usunięto z niego część ozdób. Okręt pozostał trójpokładowcem, lecz klasyfikowany był jako 90-działowy. „Sovereign” wziął udział w pierwszej wojnie angielsko-holenderskiej, służąc głównie jako flagowy okręt głównodowodzącego flotą republiki admirała Blake’a. Okręt zrobił duże wrażenie na Holendrach, którzy nadali mu przydomek Złoty Diabeł (hol. Gulden Duvel), oraz wyznaczyli wysoką nagrodę dla kapitana okrętu, któremu udałoby się go zniszczyć.