28 września 1652 roku „Sovereign” wziął udział w zwycięskiej bitwie pod Kentish Knock, w której trakcie wszedł na mieliznę, a admirał Robert Blake przeniósł swoją flagę na pokład nieco mniejszego, ale lepiej manewrującego „Resolution”.
Później „Sovereign” nie brał już udziału w walkach i stał na kotwicy w porcie, a 11 lipca 1659 roku został skierowany ponownie do Chatham w celu przebudowy, której dokonał szkutnik John Taylor, na nowy 100-działowy okręt liniowy I rangi. Podwodną część kadłuba wykonano praktycznie od nowa, lecz w części nadwodnej wizualne zmiany to głównie nowy galion, przedstawiający jeźdźca w kapeluszu, i zmodernizowana rufa. Przebudowę ukończono 26 sierpnia 1660 roku.
Po restauracji monarchii w Anglii w 1660 roku został wcielony do Royal NavyPodobnie jak skrót „HMS” nazwa angielskiej Marynarki Wojennej „Royal Navy” używana jest oficjalnie od czasów restauracji monarchii w Anglii w 1660. i przemianowany na „Royal Sovereign”. Następnie okręt wziął udział w drugiej wojnie morskiej przeciw Holandii, która wybuchła w 1665 roku.