25 lipca 1666 roku w bitwie pod North Foreland „Royal Sovereign”, flagowy okręt floty pod dowództwem księcia Albemarle, wspólnie z „Royal Charles” stoczył walkę z flagowym okrętem Holendrów „De Zeven Provinciën”, która pomimo angielskiej przewagi w artylerii skończyła się poważnym uszkodzeniem „Royal Charles”. Trwająca dwa dni bitwa zakończyła się zwycięstwem Anglików. Rok później „Royal Sovereign” był jedynym dużym angielskim okrętem, który przetrwał pogrom angielskiej floty w czasie holenderskiego ataku na Medway, gdyż znajdował się wtedy w Portsmouth.
„Royal Sovereign” wziął również udział w kolejnej wojnie angielsko-holenderskiej. W 1672 roku wchodził w skład eskadry „niebieskiej” połączonej floty angielsko-francuskiej w nierozstrzygniętej bitwie pod Solebay. Rok później okręt brał udział w przegranej podwójnej bitwie pod Schooneveld (pierwsza bitwa – eskadra „niebieska”, druga – „czerwona”) oraz zakończonej takim samym rezultatem bitwie pod Texel.