większość z nich jest dość płytka (0,5 – 1,5 m głębokości), przez co nie nadają się do żeglugi. Zamarzają w połowie listopada i pozostają skute lodem do połowy kwietnia. Największe z maryjskich rzek to: Bolszaja Kokszaga (mar. Kugu Kakszan) Buj (mar. Puwüd) Ilet (mar. Elnet) Irowka (mar. Jyr) Juszut (mar. Üszüt) Kundysz (mar. Kundysz) Łaż (mar. Łaż) Małaja Kokszaga (mar. Izi Kakszan) Mały Kundysz (mar. Izi Kundysz) Małaja Junga (mar. Arjyngy) Nemda (mar. Nemda) Rutka (mar. Yrde) Sundyr (mar. Szundyr, Szyndyr) Sumka (mar. Sumka) Sura (mar. Szur) Szoszma (mar. Szoszma) Szukszam (mar. Szükszan) Tołmań (mar. Tałman) Urżumka (mar. Würzymwüd) Wietługa (mar. Wütla) Wołga (mar. Jul)
Jeziora Na obszarze Mari El znajduje się ponad 200 jezior o powierzchni powyżej 1 km². Zbiorniki te są na ogół dość płytkie i mają 1–3 m głębokości. Największe nich to: Karaka-jer Kiczijer Jalczik Tair Ponadto na Wołdze na terenie Mari El znajdują się dwa sztuczne jeziora: Czeboksarskie i Kujbyszewskie.