Wody Sieć rzeczna kraju jest bardzo zasobna, większość rzek zasilają deszcze i jest zasobna w wodę. Wszystkie cieki wodne są stałe, a najbardziej rozbudowaną sieć rzeczną ma Borneo, gdzie z górzystego wnętrza wyspy rzeki spływają promieniście do mórz: Jawajskiego (Katingan, Barito), Celebes (Kajan) i Południowochińskiego (Kapuas, długość 1150 km). Duże rzeki Sumatry spływają ku wschodowi, do cieśniny Malakka (Rokan 265 km, Kampar 285 km), oraz do Morza Jawajskiego (Musi 533 km). Największą rzeką Jawy jest Solo o długości 540 km, która odwadnia środkową część wyspy.
Nieliczne jeziora są najczęściej pochodzenia tektonicznego lub wulkanicznego; największe – Toba (1,9 tysiąca km²), wypełnia rozległą kalderę na północy Sumatry. We wschodniej Sumatrze oraz w południowych częściach Borneo i prowincji Papua występują rozległe bagniska; w Górach Śnieżnych w Papui znajdują się lodowce: Meren i Carstensz o łącznej powierzchni 15 km².