Występują przez cały rok, z maksimum na okres listopada i grudnia, co wiąże się z napływem wilgotnych mas powietrza znad Pacyfiku. Średnia roczna suma opadów wynosi około 2500 mm. Maksimum opadowe występuje na zachodnim wybrzeżu Sumatry i przekracza wartość 4000 mm. Region Małych Wysp Sundajskich to klimat podrównikowy gdzie opady są niższe. Wartości opadowe wahają się tam od 1200 do 1800 mm. rocznie. Najbardziej sucho jest na Timorze, gdzie opady roczne osiągają zaledwie około 600 mm.
Cechą klimatu Indonezji jest nie tylko wysoka roczna suma opadów, ale i wysoka wilgotność powietrza, osiągająca 95%. W okresie od maja do września wybrzeża wysp Indonezji nawiedzają cyklony tropikalne, dotyczy to zwłaszcza Moluków i Celebesu. Z kolei na wyspie Jawa, ale i także w wielu innych rejonach kraju, do częstych zjawisk należą burze, gdzie na Jawie liczba dni z burzami wynosi ponad 300.