Na obszarze Nowej Gwinei, znajduje się masyw Gór Śnieżnych z najwyższym szczytem kraju – Puncak Jaya, dawniej Carstensz o wysokości 4884 m n.p.m.
Klimat Niemal cała Indonezja znajduje się w strefie klimatu równikowego wilgotnego, a tylko obszary Małych Wysp Sundajskich posiadają cechę podrównikową, cechującą się większą ilością dni słonecznych i bezdeszczowych. Reszta kraju to aura, gdzie nie występują pory roku. W Indonezji deszcze padają w zasadzie przez cały rok, a temperatura utrzymuje się na niezmienionym poziomie.
Temperatury w Indonezji na terenach nizinnych utrzymują się w okolicach 25–27 °C, bez prawie żadnych wahań dobowych, gdzie wpływ ma nie tylko sam klimat, ale i obecność oceanów. Jedyna różnica w temperaturach, jakie panują w kraju, odzwierciedlana jest poprzez wysokość nad poziomem morza. W górach jest chłodniej, na średnich wysokościach temperatura utrzymuje się na poziomie 16–18 °C, bez większych wahań rocznych. W wyższych partiach gór, szczególnie w Górach Śnieżnych w Nowej Gwinei, występują nawet przymrozki do –3 °C. Jest to oczywiście zrozumiałe, ponieważ góry te sięgają 5000 m n.p.m. thumb|400px|Naturalna roślinność Indonezji. Opady są wysokie, typowe dla obszarów równikowych.