Większość wybrzeży morskich jest niedostępna, wzdłuż pasm górskich brzeg morski jest wysoki, często skalisty. Na obszarach nizinnych wybrzeże jest porośnięte namorzynami i zabagnione. We wschodniej części Małych Wysp Sundajskich występują rafy koralowe. Z wyspami Indonezji sąsiadują głębokie rowy oceaniczne (formy strefy subdukcji), których średnia głębokość wynosi około 7000 m p.p.m. thumb|left|300px|Jeden z jawajskich wulkanów
Budowa geologiczna Terytorium Indonezji z geologicznego punktu widzenia można podzielić na trzy podstawowe jednostki. Są to: wschodnia Sumatra, zachodnie Borneo i szelf Morza Południowochińskiego. Obszary te znajdują się w obrębie tak zwanej platformy sundajskiej i były kiedyś częścią kontynentalnej Azji Południowo-Wschodniej. Południowo-zachodnie obrzeża Irianu Zachodniego, oraz południowe krańce Moluków stanowią północne przedłużenie platformy australijskiej. Pomiędzy tymi dwoma platformami zgaduje się rozległa strefa intensywnych ruchów skorupy ziemskiej, które trwają od 70 mln lat. Obszar Indonezji zaliczany jest do regionu sejsmicznego Ziemi, zwanego „pierścieniem ognia”, który okala cały Pacyfik. thumb|left|300px|Wyspa wulkaniczna Krakatau. W wyniku owych ruchów powstały dwa systemy gór fałdowych.