Pierwszym z nich jest system gór, zwany pasmem sundajskim, stanowi on przedłużenie systemu himalajskiego poprzez góry birmańskie, oraz indyjskie wyspy Andamany. Łańcuch tych gór ciągnie się przez Jawę, Małe Wyspy Sundajskie, po czym skręca ku północy, a na Celebesie system ten krzyżuje się z pasmem pacyficznym, który jest drugim systemem gór fałdowych Indonezji. Łańcuch tych gór ciągnie się przez Nową Gwineę, i dalej na zachód przez Moluki i Celebes w stronę Filipin. Odgałęzienie tego systemu obejmuje też wschodnie Borneo. Wszystkie te górotwory poza krystalicznymi fragmentami gór na Borneo i Celebesie, odznaczają się dużą aktywnością wulkaniczną i sejsmiczną. Łącznie w Indonezji znajduje się ponad 330 wulkanów, w tym około 100 jest czynnych. Najsłynniejszym wulkanem Indonezji jest Krakatau, który wybuchł z ogromną siłą w 1883 roku. Skutki wybuchu odbiły się nie tylko w jego polu rażenia (spływ piroklastyczny itp.), ale w Europie można było zauważyć zmiany na nieboskłonie wywołane przez ogromną ilość pyłów jakie zostały wyrzucone do atmosfery. W wyniku wybuchu Krakatau zginęło 36 000 ludzi.