Silne trzęsienia ziemi nawiedzają Jawę, Sumatrę, Małe Wyspy Sundajskie, Celebes i Moluki.
Rzeźba Indonezja jest krajem w większości górzystym, gdzie obszary nizinne zajmują niewielki procent powierzchni kraju, skupiając się głównie w strefach nadbrzeżnych. Na Sumatrze góry ciągną się długim pasmem wzdłuż zachodniego wybrzeża. Najwyższym szczytem Sumatry jest wulkan Kerinci o wysokości 3805 m n.p.m. Wyższe partie zewnętrznego pasma wynurzają się z Oceanu Indyjskiego jako wyspy Nias i Mentawai. Wzdłuż wschodniego wybrzeża Sumatry oraz na wyspie Banka rozpościera się rozległa zabagniona nizina.
Jawa jest wyspą o wiele bardzie wyżynną, dominują tam góry i płaskowyże, tereny niskopołożone zajmują strefę wybrzeża. Średnie wysokości pasma górskiego ciągnącego się na całej długości wyspy, wynoszą średnio 3000 m n.p.m. Najwyższym szczytem tej wyspy jest Semeru, wznoszący się na 3676 m n.p.m. Masywy górskie rozcinają doliny rzek. Północna część kraju jest co prawda nizinna, jest tereny te nie zajmują duże powierzchni wyspy. Charakterystycznym elementem krajobrazu Jawy są masywy wulkaniczne.