W 1912 został kustoszem Muzeum Czartoryskich na Zamku w Gołuchowie. W 1914 pracował w Centralnym Komitecie Opieki nad Zabytkami w Wiedniu, gdzie poświęcał czas głównie Małopolsce.

W czasie I wojny światowej przeniósł się do Poznania, z którym związał się aż do tragicznej śmierci. Był członkiem Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych, opracowywał liczne publikacje naukowe, od kwietnia 1919 kierował Wydziałem Rewindykacji zbiorów artystyczno-kulturalnych w Departamencie Kultury i Sztuki Ministerstwa byłej Dzielnicy Pruskiej. W lipcu 1919 został Wojewódzkim Konserwatorem Zabytków w Poznaniu, a od 1922 również konserwatorem zabytków województwa pomorskiego. Należał do Komitetu Konserwatorskiego Gmachów Państwowych.

Był jednym z członków założycieli Towarzystwa Miłośników Miasta Poznania. Ważnym etapem w działalności Pajzderskiego był okres PeWuKi. W latach 1928–1929 współorganizował dział sztuki na Wystawie. W 1933 został dyrektorem Muzeum Wielkopolskiego w Poznaniu.

W październiku 1939 aresztowany przez Niemców, został zamordowany w miejscu kaźni Wielkopolan – Forcie VIIZdjęcie grobu na portalu Billiongraves [dostęp: 2 VII 2017 r.].