Rektor ówczesnej szkoły rozszerzył program nauczania, który cieszył się szerokim zainteresowaniem, m.in. wykładał Pierwszy i Drugi list św. Pawła do Tymoteusza i Psalmy oraz przybliżał słuchaczom studia humanistyczne. Do Trzebiatowa zaczęli przybywać uczniowie m.in. z rejonów: Westfalii i Livlandu (tereny dzisiejszej Litwy i Łotwy).
W 1517 w klasztorze białobockim z inicjatywy opata J. Boldewana utworzono (łac.) Collegium presbiterorum sive sacerdotum (Kolegium kapłanów). J. Bugenhagen został powołany na stanowisko lektora. Jego wykłady były nacechowane antyklerykalizmem i nowymi teoriami teologicznymi. Wyrażał w swoich kazaniach rozczarowanie instytucją Kościoła, które uzewnętrzniło się w 1521, gdzie jawnie wystąpił z niego po zapoznaniu się z dziełami Marcina Lutra. Nowe nauki propagował wśród uczniów oraz duchownych. W tym też roku wyjechał z Trzebiatowa do Wittenbergi. Wielu nowych zwolenników reformacji opuściło miasto. W późniejszym czasie przyczynili się do jej propagowania na Pomorzu. Trzebiatów stał się głównym ośrodkiem myśli reformacyjnej, szczególnie po obradach sejmu trzebiatowskiego (13 grudnia 1534), na którym wyrażono zgodę na wprowadzenie na Pomorzu luteranizmu.