Dla sfinansowania tych reform posłużyła mu sekularyzacja majątków kościelnych.
Filip zaangażował się także w sprawy reformacji na forum Rzeszy, tak w kwestiach politycznych, jak i religijnych. Podjął próby zjednoczenia książąt sprzyjających reformacji, do czego impulsem było zagrożenie samego Filipa ze strony cesarza i książąt katolickich. Już w 1525 lub 1526 r. Filip zawarł sojusz z kuzynem Jerzego Brodatego, elektorem saskim Janem Stałym. W 1529 r. Filip był jednym z najaktywniejszych i najważniejszych książąt, którzy zaprotestowali na sejmie w Spirze przeciwko wprowadzeniu w życie edyktu wormackiego (stąd nazwa całego ruchu protestanckiego). Filip niezwłocznie próbował wyzyskać ten sukces do zbudowania z "protestantów" szerokiego sojuszu, z udziałem także Szwajcarii i książąt górnoniemieckich. Na przeszkodzie stanęły jednak niesnaski wśród samych protestantów, wśród których zarysował się rozłam na luteran i zwolenników doktryny Zwingliego. Filip próbował doprowadzić do pojednania i teologicznego kompromisu, zorganizował nawet w 1529 r. w Marburgu dysputę religijną między Lutrem i Zwinglim, jednak bez efektu. Dopiero w 1531 r.