Po wycofaniu z Wielkopolski z powodu zagrożenia Warszawy, brał udział w obronie stolicy.

W styczniu 1795 został aresztowany przez Prusaków i przewieziony do Wrocławia, a następnie do Magdeburga. Nie brał udziału w dalszych działaniach niepodległościowych. Na przełomie XVIII i dzierżawił od rządu pruskiego dobra kostrzyńskie, zsekularyzowane przez Prusaków po konfiskacie majątku klarysek w Gnieźnie. Ożenił się z Wiktorią ze Skotnickich, z którą miał ośmioro dzieci.

Antoni Madaliński zmarł 19 lipca 1804 w Borowem, w majątku, którego był dziedzicem. Pogrzeb odbył się 23 lipca, ciało generała zostało złożone w kościele parafialnym św. Apostołów Piotra i Pawła w Przybyszewie, a serce w Lubani.

Upamiętnienie Na jego cześć nazwano ulice w Warszawie, Poznaniu, Bydgoszczy, Zielonej Górze, Słupsku, Gdańsku, Ostrołęce, Krakowie, Szczecinie oraz Wrocławiu.

Film Postać Antoniego Józefa Madalińskiego występuje w filmie Kościuszko pod Racławicami.