Przeszło rok później, pod koniec marca 1944, objął funkcję szefa sztabu generalnego Grupy Armii Północna Ukraina.
W lipcu 1944 Busse został przeniesiony do rezerwy Führera. Jednakże jeszcze w tym samym miesiącu mianowano go dowódcą 121 dywizji piechoty, które to stanowisko opuścił 1 sierpnia 1944. Wkrótce potem awansował na generała piechoty (9 listopada 1944) i został mianowany dowódcą I korpusu armijnego.
Dowódca 9 armii W styczniu 1945 gen. Theodorowi Busse powierzono dowodzenie 9 armią, która wchodziła w skład Grupy Armii Wisła. W drugiej połowie marca 1945 9 armia trzymała na Odrze front o długości ok. 80 mil, od miejsca gdzie z Odrą łączy się Kanał Hohenzollernów – na północy, do ujścia Nysy Łużyckiej – na południu. Na lewym skrzydle, od północy 9 armia sąsiadowała z 3 armią pancerną generała Hasso von Manteuffla.
22 marca 1945 Busse poinformował generała Gottharda Heinriciego, który właśnie przejmował od Himmlera komendę nad Grupą Armii Wisła, iż Rosjanie wyprowadzili atak z przyczółka na południe od Kostrzyna i zdołali połączyć się ze swoimi wojskami obecnymi na przyczółku na północ od miastaRosjanie dokonali tego manewru, kiedy zorientowali się, że gen.