Tam ukończył 'szkolenie w zakresie wspomagania dowodzenia’ – : Führergehilfenausbildung.
1 października 1931 skierowano go do sztabu 10 (pruskiego) pułku kawalerii w Sulechowie, zaś 1 kwietnia 1933, w stopniu rotmistrza, został przeniesiony do Ministerstwa Reichswehry w Berlinie. W 1937 Theodor Busse, już jako major, został mianowany pierwszym oficerem sztabu generalnego 22 dywizji piechoty. 1 marca 1939 przeniesiono go do Naczelnego Dowództwa Wojsk Lądowych.
Do chwili wybuchu II wojny światowej dosłużył się stopnia podpułkownika.
II wojna światowa 25 października 1940 Busse został mianowany pierwszym oficerem sztabu generalnego 11 Armii. Na tym stanowisku uczestniczył, po rozpoczęciu wojny z ZSRR, w niemieckim natarciu na tereny południowej Rosji. 1 sierpnia 1941 awansował na pułkownika.
24 maja 1942, podczas gdy uczestniczył w walkach o Krym, uhonorowano go Krzyżem Niemieckim w Złocie. Jesienią 1942 Busse został pierwszym oficerem sztabu generalnego (Ia) Grupy Armii Don, zaś w lutym 1943 objął analogiczne stanowisko w sztabie Grupy Armii Południe.
1 marca 1943 Theodora Busse awansowano na stopień generała majora i mianowano szefem sztabu generalnego Grupy Armii Południe.