Drugie małżeństwo Po raz drugi wyszła za mąż za Jana VII hrabiego Nassau-Siegen dnia 24 listopada 1581 Drugie małżeństwo Magdaleny było podyktowane jedynie względami politycznymi - jej mąż był od niej 30 lat starszy a gubernator Niderlandów wykazywał niechęć do tego mariażu Woląc by Jan ożenił się z kimś z rodu Nassau aby poprzez ślub z obcą księżniczką nie wzmacniać rodu. Przed drugim małżeństwem musiała przejść na prawosławie. para hrabiowska zamieszkała w Dillenburgu, gdzie Jan VI zaopiekował się dwójką żyjących dzieci Magdaleny z pierwszego małżeństwa. Podczas opieki nad nieletnimi dziećmi żony Jan miał pieczę również nad hrabstwem Hanau-Miinzenberg.
Z tego związku urodziło się dziesięcioro dzieci:
Jan Ernest (ur. 1582, zm. 1617) Jan VIII Młodszy (ur. 1583, zm. 1638) Elżbieta (ur. 1584, zm. 1661) ∞ Chrystian, hrabia Waldeck-Wildungen) Adolf (ur. 1586, zm. 1608) Julianna (ur. 1587, zm. 1643) ∞ Maurycego, landgrafa Hesji-Kassel Anna Maria (ur. 1589, zm. 1620) ∞ Hrabia reński Jan Adolf von Dhaun-Falkenstein-Bruch Jana Olbrachta (*ur. 1590, zm. 1593) Wilhelm (ur. 13 sierpnia 1592 zm. 1642) ∞ Krystyna zu Erbach Anna Joanna (ur. 1594, zm. 1636) ∞ Jan Wolfert van Brederode (ur. 1599, zm. 1655) Fryderyk Ludwik (ur. 1595 zm. 1600) Magdalena (ur. 1596, zm. 1661) Jan Fryderyk (ur.