Wejście główne prowadziło do południowego ramienia transeptu. Nawy boczne były od zachodu zakończone przyziemiami wież. W latach około 1160–1170 w przyziemiach prezbiterium powstała krypta, która została zintegrowana z przyziemiami późniejszej katedry jako część środkowa obecnej trójczęściowej krypty. W skład kompleksu pierwszej katedry wchodziły także dwie kaplice: Trzech Króli oraz św. Mikołaja, ta druga była kaplicą prywatną biskupów naumburskich. Od strony stylistycznej świątynię cechował tak zwany gebundenes System („system wiązany”), typowy dla saksońskich kościołów doby romanizmu, oparty na porządku proporcji, ad quadratum – gdzie wszystkie proporcje bazowały na wielkości kwadratowego skrzyżowania naw.
Katedra późnoromańska i gotycka Za rządów biskupa Engelharda (1207–1242) około 1210 roku dawną katedrę zastąpiono nową budowlą, zachowując jedynie przęsło krypty. Powstał obecny trójprzęsłowy korpus nawowy oparty na systemie wiązanym, obecny transept i prezbiterium o jednym przęśle zamknięte półkolistą absydą, flankowane dwoma kaplicami zamkniętymi także półkolistymi absydami. Kaplice te stanowią przyziemie wież. Od strony zachodniej wzniesiono drugą parę wież.