W 1028 roku papież Jan XIX zaakceptował przeniesienie z Zeitz do Naumburga siedziby biskupiej. Postulat ten wniósł dwa lata wcześniej król rzymski, a następnie cesarz Konrad II.
Katedra wczesnoromańska Wkrótce po pozwoleniu przeniesienia siedziby biskupiej do Naumburga (zapewne we wczesnych miesiącach 1026 roku) rozpoczęto bezpośrednio przy wschodniej części kościoła kolegiackiego budowę pierwszej wczesnoromańskiej katedry. Budowa miała miejsce za rządów biskupa Hunolda z Merseburga (lata 1036–1050). Wraz z przenosinami biskupstwa z Zeitz, katedrze naumburskiej nadano patrocinium macierzystej diecezji – świętych Piotra i Pawła.
Dzięki badaniom archeologicznym, które przyczyniły się do odkrycia pozostałości wczesnoromańskiego kościoła, możliwa jest rekonstrukcja układu przestrzennego pierwszej katedry. Ponadto pod obecnym chórem zachodnim zachowały się pozostałości kolegiaty zamku Ekkeharda. Kościół był trójnawową bazyliką z transeptem i prezbiterium zamkniętym półkolistą absydą. Katedra miała długość obecnego korpusu nawowego oraz zachodniego przęsła chóru wschodniego. Zakończone absydą przęsło zachodnie flankowane wieżami znajdowało się około 7 metrów na wschód od zachodniej przegrody chórowej. Przęsło nawy głównej stanowiła 1/2 skrzyżowania naw, przęsło nawy bocznej 1/2 przęsła nawy głównej.