Do wnętrza transeptu można dojść przez nawy boczne. Wejście (jedyne) do katedry od strony południowej prowadzi bezpośrednio do transeptu. Na osi naw bocznych przy wschodnim boku nawy poprzecznej mieszczą się prostokątne kaplice (powyżej wznoszą się wieże) zamknięte półkolistymi absydami.
Prezbiterium składa się z dwóch przęseł, zachodniego późnoromańskiego odpowiadającego proporcjom przęseł nawy głównej i transeptu i węższego gotyckiego, za którym znajduje się poligonalne zamknięcie (6/10) z wysuniętą najdalej na wschód przyporą na osi. Chór zachodni o nieregularnym poligonalnym zamknięciu (5/8) jest jednoprzęsłowy. Przęsło flankuje para wież poprzedzona wąskimi prostokątnymi przedsionkami.
Elewacje zewnętrzne thumb|Widok na katedrę od strony południowej thumb|Widok na zabudowania, krużganki wokół wirydarza i wieże zachodnie katedry Górująca nad panoramą Naumburga katedra z czterema wieżami łączy formy romańskie z gotyckimi. Zarówno późnoromański korpus nawowy i gotyckie chóry cechuje kubiczność bryły, a ich elewacje mają nader skromną dekorację ograniczającą się do zaakcentowania korony murów lateralnych za pomocą fryzów arkadowych. Na szczytach transeptu znajdują się romboidalne płyciny o profilowanych ościeżach z dekoracją ornamentalną.