Po wiktorii Armia Tennessee obległa unionistów, zajmując pozycje na otaczających miasto wzgórzach. Armia Cumberland została wzmocniona przez armię gen. dyw. Ulyssesa Granta oraz dwa korpusy Armii Potomaku pod gen. dyw. Josephem Hookerem. Bragg posłał w tym czasie siły Longstreeta do Knoxville wraz z prawie całą kawalerią, dziesiątkując liczebność swojej armii. Przejąwszy dowodzenie, Grant zadał Braggowi potężny cios pod Missionary Ridge 25 listopada, zmuszając go do złożenia oblężenia i ucieczki do północnej Georgii.
1864 Krótko po tym wydarzeniu Bragg został zastąpiony na stanowisku wodza przez generała Josepha Egglestona Johnstona, który był znacznie bardziej lubiany przez żołnierzy, niż cierpki Bragg. W 1864, podczas walk o Atlantę Johnstonowi przyszło stawić czoła połączonym armiom gen. dyw. Williama Shermana, który miał rozkaz zniszczyć armię Tennessee – zdobycie Atlanty było drugorzędnym celem. Johnston, który uważał, iż podtrzymanie życia swojej armii było ważniejsze niż obrona terytorium, unikał potyczek z Shermanem, dokonując serii wycofań, co wywołało zniecierpliwienie w Richmond, zwłaszcza u prezydenta Konfederacji Jeffersona Davisa, który nigdy nie darzył generała wielką sympatią. Po flankującym manewrze Shermana nad rzeką Chattahoochee, konfederaci musieli wycofać się wprost do Atlanty.