Od sierpnia 1941 Hirszfeldowie mieszkali na plebanii kościoła Wszystkich Świętych przy pl. Grzybowskim. Z getta na stronę „aryjską” uciekli latem 1942, ukrywając się najpierw u Marii Wierzbowskiej, koleżanki Hanny. Po śmierci chorej córki Marii, w lutym 1943 Hirszfeldowa mieszkała z mężem w domu Laury z Przedpełskich Kenigowej (żony Mariana Keniga) w Starej Miłośnie pod Warszawą, potem (od marca 1944) przy ul. Złotej, a po trzech miesiącach we wsi Lipka.
Od października 1944 do roku 1945 Hanna Hirszfeldowa – wówczas docent – była ordynatorem Szpitala Dziecięcego w Lublinie (kierownikiem pierwszej, powstałej jeszcze w czasie wojny, Katedry i Kliniki Pediatrii), a zaraz po zakończeniu wojny zamieszkała wraz z mężem we Wrocławiu. Tu prof. Hanna Hirszfeldowa współuczestniczyła przy tworzeniu Akademii Medycznej; wydział lekarski wrocławskiej uczelni rozpoczął nauczanie pierwszych 520 studentów już w 1945 roku, a w październiku pod jej kierownictwem powołano Katedrę i Klinikę Pediatryczną tego wydziału, mieszczącą się uruchomionym już w lipcu szpitalu (dawnym Domu Małego Dziecka) dziecięcym (pierwszej tego rodzaju placówce na Dolnym Śląsku po wojnie).