W związku z tym Jan poświęcił się pracy duszpasterskiej, nakazując duchownym przestrzegać wysokich standardów moralnych, wizytując parafie i przeprowadzając synody diecezjalne. Prowadził również pobożne i ascetyczne życie.
W tym czasie w Czechach narastał ferment społeczny i rosła niechęć wobec władcy oraz dynastii Luksemburgów. Do przeciwników Wacława IV dołączył arcybiskup Jan, który przeniósł się do rezydencji arcybiskupiej w Rudnicy nad Łabą, w obawie przed prześladowaniami ze strony króla, których jedną z ofiar był Jan Nepomucen, późniejszy święty.
W kwietniu 1393 r. udał się do Rzymu, z kolei po powrocie do kraju oficjalnie wystąpił przeciw Wacławowi IV. Bunt zakończył się konfiskatą dób biskupich i ucieczką arcybiskupa do Rzymu, gdzie w styczniu 1394 r. zrezygnował z funkcji metropolity praskiego na rzecz swojego siostrzeńca Olbrama ze Škvorce, zachowując zamek Helfenburg oraz dożywotnią emeryturę.
Patriarcha Aleksandrii W 1399 r. Jan z Jenštejn ponownie udał się do Rzymu w celu uzyskania aprobaty papieskiej dla pracy misyjnej. 2 kwietnia 1399 r. papież mianował go jako patriarchą Aleksandrii. Następnie przeniósł się do Santa Prassede, gdzie zmarł czternaście miesięcy później.