Budowla była jednoznacznie uznawana przez mieszkańców za symbol rusyfikacji. Wiernymi parafii prawosławnej byli niemal wyłącznie Rosjanie, stanowiący 1,2% mieszkańców miastaB. Ryszewski, Zaludnienie Włocławka.., s.561.
Funkcjonowanie cerkwi do 1920 mały|Grób ks. protojereja Piotra Kudriawcewa, zmarłego w 1919 ostatniego proboszcza parafii we Włocławku prowadzącego pracę duszpasterską w cerkwi na dzisiejszym Placu Wolności. Na nagrobku obiekt ten został mylnie nazwany soborem Parafia prawosławna we Włocławku działała do sierpnia 1914, kiedy rosyjscy mieszkańcy miasta udali się na bieżeństwo. Proboszcz parafii zamknął wówczas budynek cerkwi i nie odprawiał w nim nabożeństw, chociaż sam pozostał w dotychczasowym miejscu zamieszkania. Wojska niemieckie po wkroczeniu do Włocławka przejęły nieczynną świątynię na czele wojskowe, dzwony zaś nakazały przetopić na potrzeby armii.