Okres okupacji 1939–1945 Tuż przed kampanią wrześniową zrealizowano akcję zabezpieczenia części muzealiów. Zlikwidowano filię muzeum przy ul. Chodkiewicza, przenosząc eksponaty do gmachu głównego przy Starym Rynku. Po objęciu Bydgoszczy przez okupacyjną administrację niemiecką, muzeum było podporządkowane kuratorowi muzealnemu prof. dr. Willemu Drostowi z Gdańska. W 1940 r. funkcję dyrektora objął dawny opiekun zbiorów Towarzystwa Historycznego Obwodu Nadnoteckiego – dr Konrad Kothe, zaś kustoszem pozostał Kazimierz Borucki. We wrześniu 1939 r. przed murami muzeum i kościoła pojezuickiego dokonano publicznych rozstrzeliwań polskich zakładników, w tym księży katolickich. Wiosną 1940 r. władze okupacyjne przeprowadziły wyburzanie zachodniej pierzei Starego Rynku, w tym kamienicy mieszczącej muzeum. Zbiory przemieszczono do budynku lombardu przy ul. Pocztowej.
W tym okresie do zbiorów muzealnych trafiły kolekcje broni, numizmatów i obrazów, zdawane przez obywateli miasta na polecenie władz niemieckich. Przez cały okres okupacji pozyskano ok.