1500 pozycji w formie darów, jak i zakupów (w tym część eksponatów Towarzystwa Historycznego Obwodu Nadnoteckiego zrewindykowanych z Berlina) oraz prowadzono ograniczoną działalność wystawienniczą (7 wystaw w latach 1941–1944).

Dzięki przychylności niemieckiego dyrektora muzeum dr Konrada Kothe i ofiarnej działalności Kazimierza Boruckiego, udało się uratować przed zniszczeniem szereg zabytków, zwłaszcza sakralnych. Część z dewocjonaliów pochodzących z kościołów bydgoskich ukryto w muzeum, część zaś umieszczono w schowkach znajdujących się w kolumnach i filarach kościołów. Do cenniejszych eksponatów, które udało się ukryć należały m.in.: obraz Madonny Bydgoskiej z kościoła farnego, obrazy M. A. Piotrowskiego „Św. Ignacy Loyola” i „Niepokalane poczęcie Marii Panny” zdobiące ołtarz główny rozebranego przez nazistów kościoła pojezuickiego, obraz Matki Boskiej Góreckiej z Górki Klasztornej. Dzięki interwencji Kothego udało się zaniechać wywozów cennych muzealiów do Niemiec.