Wiele zabytków ukryto wśród mebli biurowych, a cenniejsze przedmioty umieszczono w sekretnych schowkach. mały|Dyrektor Konrad Kothe (pierwszy z prawej) na otwarciu wystawy Bromberger Kunstschau (1943) W obawie przed bombardowaniami, w latach 1943–1944 przeprowadzono decentralizację zbiorów, wywożąc je do majątków ziemskich w okolicznych miejscowościach (Dębowo, Kawęcin, Kiełpin, Luszkówko, Lachowice, Mała Komorza, Morsk, Piotrkówko, Pobórka i Trzciniec), co doprowadziło do znacznych strat wojennych, gdyż tylko niewielka liczba wywiezionych wówczas zabytków ocalała. Działania wojenne, rabunek i dewastacja w majątkach spowodowała utratę 58 skrzyń z zabytkami archeologicznymi, 5 skrzyń ze zbiorami afrykanistycznymi oraz niemożliwą do ustalenia liczbę militariów, pamiątek miejskich, wyrobów rzemiosła artystycznego i numizmatów.
Okres powojenny po 1945 Po wyzwoleniu Bydgoszczy spod okupacji hitlerowskiej władze miasta przeznaczyły na siedzibę Muzeum budynek przy ul. Gdańskiej 4, gdzie do 1937 r. mieściła się Lecznica Miejska. 11 kwietnia 1946 r., otwarto Muzeum Miejskie w nowym budynku i nadano mu imię Leona Wyczółkowskiego.