Dyrektorem Muzeum został mianowany Kazimierz Boruckihttp://www.muzeum.bydgoszcz.pl/ dostęp 2010-03-04.. Piętro budynku przeznaczono na galerię obrazów, zaś w dostępnych pomieszczeniach parteru zostały rozlokowane pamiątki bydgoskie oraz zabytki archeologiczne. W latach 40. prowadzono akcję poszukiwania zabytków muzealnych, dzięki której możliwe było scalenie rozproszonych muzealiów. W 1949 r. muzeum zostało upaństwowione, zaś w 1975 r. przekształcone w Muzeum Okręgowe, obejmujące swym działaniem obszar województwa bydgoskiego.
W miarę upływu czasu powstała konieczność zaadaptowania nowych budynków na cele muzealne w związku z rozrastaniem się zbiorów. W lipcu 1964 r. oddano do użytku wyremontowane spichrze przy ul. Grodzkiej, które oddano na potrzeby muzeumPlanowano również budowę nowej siedziby muzeum w odbudowanej zachodniej pierzei Starego Rynku wraz z adaptacją i powiązaniem z budynkiem dawnego Kolegium Jezuickiego według proj. Włodzimierza Padlewskiego z Sopotu.. Kolejne obiekty przekazano muzeum w 1975 r.