ze strony niektórych wyznań protestanckich, którym odmawia ona statusu Kościołów, nazywając je „wspólnotami kościelnymi” – ze względu na brak prawomocnego episkopatu i sprawowania Eucharystii w klasycznym rozumieniu (część Kościołów protestanckich nie praktykuje Eucharystii stricte, a np. Pamiątkę Wieczerzy Pańskiej – występują różnice w jej rozumieniu).
thumb|upright|Nowy przewodniczący Papieskiej Rady ds. Ekumenizmu, abp Kurt Koch (2009)
Abp Kurt Koch, ówczesny przewodniczący episkopatu Szwajcarii, a obecny przewodniczący Papieskiej Rady do spraw Popierania Jedności Chrześcijan, w lipcu 2007 bronił sformułowań deklaracji Dominus Iesus, precyzujących pojęcie Kościoła oraz status kościelny poszczególnych gałęzi chrześcijaństwa. Szwajcarski biskup przyznał, że dokument mógł się jawić jako raniący dla protestantów i ekumenicznie nastawionych katolików. Powiedział jednak, że deklaracja i jej recepcja pokazały różnice w zadaniach, jakie stawiają wobec ruchu ekumenicznego rzymscy katolicy i prawosławni z jednej strony, a protestanci z drugiej.
Dyskusje i komentarze na temat deklaracji następująco podsumował ks. Adam Boniecki MIC: