Okres późniejszy i skandal obyczajowy W latach 1542–1551 von Lauchen był profesorem matematyki wyższej na uniwersytecie w Lipsku, gdzie pozostał do 1545. W późniejszych latach często podróżował do Feldkirch, Mediolanu, Lindau (Bodensee) i Konstancji, gdzie nauczał matematyki. W 1547 zachorował, a po powrocie do zdrowia studiował medycynę w Zurychu i w 1548 wrócił do Lipska.W roku 1550 wydał efemerydy na rok 1551 obliczone na podstawie De Revolutionibus. W 1551 roku jego działalność naukową przerwał skandal – von Lauchen został oskarżony o stosunek homoseksualnyCyt. z Wasiutyńskiego: Wiadomość o tym podał Wilhelm Voss (Altona) w miesięczniku Die Sterne (1931, s. 179-184, Handschriftliche Bemerkungen in alten Büchern). Mianowicie w Hamburskiej Państwowej i Uniwersyteckiej Bibliotece znajduje się egzemplarz „Efemeryd” Joh. Stadiusa na lata 1554–1576, który należał niegdyś do znajomego Retyka, Jakuba Krögera, pastora w Eiderstedt, a potem w Hamburgu. Na marginesie przedmowy, w miejscu gdzie wymieniony jest Retyk, Kröger dopisał: Excellens Mathe: qui vixit et docuit Lipsae aliquandiu, post vero circa annum 1550 ea urbe aufugit propter Sodomitica et Italica Peccata. Ego hominem novi. Pederastia – rozpowszechniona i tolerowana we Włoszech – była w Niemczech uważana za ciężkie przestępstwo.