Książę poparł wydanie dzieła.
Opowiedzenie się przez Retyka po stronie heliocentryzmu spowodowało zaraz po powrocie do Wittenbergi (we wrześniu 1541) ostry konflikt z przywódcami Kościoła luterańskiego, przede wszystkim z samym Marcinem Lutrem oraz z Filipem Melanchtonem, który uznał naukę „sarmackiego filozofa” za absurd, niezgodny z tekstem Biblii. Nie chcąc dopuścić do zaognienia sytuacji, już jako dziekan wydziału humanistycznego w semestrze zimowym 1541/1542 dał wykład Almagestu Ptolemeusza oraz Początków astronomii Al-Fergana, pozornie wyrażając tym swoją aprobatę dla tradycyjnej geocentrycznej astronomii.
Udział w wydaniu De revolutionibus Po powrocie do Wittenbergi został wybrany dziekanem wydziału nauk humanistycznych i zajął się sprawami wydania drukiem rękopisu Kopernika. W maju 1542 udał się do Norymbergi, gdzie zlecił wydanie książki norymberczykom (Schönerowi, Ossiandrowi i Petreiusowi). Dozorował druk De Revolutionibus, ale zanim praca została skończona wyjechał do Lipska, by zacząć uczyć w październiku 1542. Dzieło zostało wydane w 1543.