Spośród znajdujących się w poprzedniej wersji 55 rodzin wymienionych jako opcjonalne (ang. bracketed families), w systemie APG III nie zostały wyróżnione 44 rodziny ze względu na ich względnie niewielką popularność. Zrezygnowano także z wyróżniania kolejnych 18 rodzin. W sumie w systemie APG III wyróżniono 415 rodzin, czyli o 42 mniej niż w systemie APG II z 2003.
Rodziny opcjonalne w systemie APG II, nieobecne w systemie APG III: Illiciaceae, Alliaceae, Agapanthaceae, Agavaceae, Aphyllanthaceae, Hesperocallidaceae, Hyacinthaceae, Laxmanniaceae, Ruscaceae, Themidaceae, Asphodelaceae, Hemerocallidaceae, Kingdoniaceae, Fumariaceae, Pteridophyllaceae, Didymelaceae, Tetracentraceae, Pterostemonaceae, Hypseocharitaceae, Francoaceae, Memecylaceae, Lepuropetalaceae, Rhoipteleaceae, Medusagynaceae, Quiinaceae, Malesherbiaceae, Turneraceae, Bretschneideraceae, Diegodendraceae, Cochlospermaceae, Peganaceae, Tetradiclidaceae, Nyssaceae, Ternstroemiaceae, Pellicieraceae, Aucubaceae, Donatiaceae, Lobeliaceae, Desfontainiaceae, Diervillaceae, Dipsacaceae, Linnaeaceae, Morinaceae, Valerianaceae.